主校區
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石溪大學主校區位於長島北岸的石溪鎮，接近長島的地理中點，在曼哈頓以東約80公里，蒙托克以西約108公里。主校區由紐約州公路97分爲「西校區」和「東校區」。在主校區北部邊緣有長島鐵路傑斐遜港支線石溪站。
西校區
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西校區是石溪大學學術生活的中心。作爲大學歷史最悠久的地區，西校區容納了大部分學術活動、體育活動以及本科生。現代化的西校區圍繞學術區域延展四分之一英里，西端到達西懞斯幾何和物理中心，東端到達管理大樓。學術區域包括學生活動中心、小福蘭克·梅爾維爾紀念圖書館、斯塔勒藝術中心、人文心理樓、哈里曼廳、Frey廳（舊化學樓）、地球與空間科學中心與數學與物理設施。生命科學大樓、賈維茨禮堂、社會行爲科學樓，計算機科學以及學生會也在西校區。其中新建的建築有西懞斯幾何和物理中心、學生創意中心、希爾頓花園酒店以及翻修過的舊化學樓。斯塔勒藝術中心擁有長島蘇福克郡最大的電影熒幕，並承辦一年一度的石溪電影節。
體育設施位於西校區的西北部，包括石溪運動綜合大樓、石溪大學體育館、肯尼斯·啦維爾體育場等。
西蒙斯幾何與物理研究中心
南校區
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南校區坐落於學術區域南部約半英里的地方，阿什利·希夫森林保護區將二者隔開。坐落於南校區的機構有口腔醫學學院、海洋科學研究中心、以及科迪自閉症和發育殘疾中心。
研發園區
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位於石溪路，距校園中心1.6公里是研究和開發園區。 2005年11月3日，石溪大學宣布，它已正式收購246英畝（1.00平方公里）的相鄰Flowerfield（最初所擁有者爲聖雅各福群Gyrodyne美國公司）。石溪大學曾表達出要徵用這塊土地的願望；三年之後，石溪大學終於如願以償。
石溪大學使用這片土地作爲研發園區之用，類似於全美各地的研發中心。這片區域最終將會容納10座建築。第一座建築無綫與信息技術中心已於2008年十月投入使用。由Flad建築公司設計的高級能源研究與技術中心已於2008年夏季開始建設，並於2010年春季投入使用。
東校區
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校區東邊的健康科學中心和大學醫院
東校區在主校區中被CR-97路隔開，是石溪大學校醫院以及健康科學中心所在地。石溪大學校醫院於1980年落成，是蘇福克郡唯一的三級醫院和一級創傷中心，也是此郡唯一的學術醫療中心，規模大於那蘇郡的任意一所醫療中心[13]。石溪大學校醫院作爲薩福克郡最大的醫院，附屬機構健康科學中心（HSC）和基礎科學大樓（BST）中有眾多的實驗室，醫學院和護理學院。查平研究生公寓大樓，長島高新技術育成中心，門診手術中心，兒童醫院也坐落在東校區。
石溪大學主幹道上的管理樓和查理斯·王中心
曼哈頓校區
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2002年，石溪大學宣佈曼哈頓校區成立。曼哈頓校區原址位於南公園大道401號；2008年遷至位於南公園大道387號南三樓，面積達1,700平方米。石溪大學在此校區針對紐約市的學生提供專業的研究生課程；本科生課程在夏季和冬季學期提供。會議和特別活動貫穿全年。
南安普敦校區
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南安普敦校區
2006年3月24日，石溪大學完成了對長島大學南安普頓學院（330,000平方米，長島東端）的購買。作為一個完整的大學校園，南安普頓學院專注於發展有關環境與可持續發展的學術研究[14]。2005年秋季，石溪大學擴大了原本的學術項目，對本科生提供海洋科學，教育和研究設施就在從長島大學租賃而來的校園上。未來五年有望2,000名學生入學。2006年8月3日，Martin Schoonen教授被任命爲南安普頓校區臨時院長；2009年3月，Mary Pearl被任命爲教務長兼副院長。
2010年4月7日，石溪大學暫停了該校區的住宿，將可持續發展項目遷移到主校區[15]，預示著國家預算的嚴重削減。雖然海洋科學和研究生寫作項目仍然位於南安普頓校區，但是本科生已經遷移至主校區。最終，所有的餐飲服務和零售業務被教師學生協會暫停；舊長島大學電臺和國家公共廣播電臺在此校區也不再存在。
2011年9月，南安普頓校區開始提供本科生項目：海邊的學期，讓學生參加海洋研究或藝術本科班。就讀海洋研究的學生都沉浸在海洋的主題中，加強與水接近，許多研究生研究項目也正在進行中。學習藝術的學生進行電影製作的學習和創意寫作研究，並與著名的電影製片人和作家進行互動，是漢普頓的文化遺產的一部分。這兩個計劃提供了一個公開講座系列，學生們可以與社會各界有很高知名度的科學家和作家進行交流。
韓國校區
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2009年5月，美國紐約州立大學董事會委託薩繆爾·斯坦利博士就石溪和韓國政府之間的合作夥伴關係努力進行談判。石溪將加入其他大學一個univerCITY複合體，可能涉及其他學校有北卡羅萊納州立大學，喬治梅森大學，卡耐基·梅隆大學，約翰斯·霍普金斯大學和波士頓大學。石溪大學將成為一個全球性的大學，意圖提供一個多元化的學習環境，同時刺激韓國經濟的增長。
2011年7月，校長薩繆爾·斯坦利宣布韓國教育科學和技術部已批准於仁川設立紐約州立大學韓國校區（韓語：한국뉴욕주립대학교），並作爲松島國際都市的一部份，於2012年3月開始學術活動並招生200人[16]。